另外，有關部門在實際操作方面對轉基因食品的監管也存在難度。天津農科院轉基因生物產品成分監督檢驗測試中心副所長王永介紹，轉基因食品可通過分子生物學手段檢測出來，但檢測費用很高，以玉米檢測為例，檢測一個玉米樣本至少要1500元。消費者如果想知道一種食品是否含有轉基因成分，“代價會非常高”。

誰來維護我的知情權？

多位受訪專家表示，轉基因不僅僅是單純的一項技術，其影響已經擴展到政治、經濟和社會生活領域，宜盡快完善轉基因食品標識制度，保障群眾對轉基因食品的消費知情權。

南開大學張翔博士認為，消費者對于食品擁有知情權，堅持并完善轉基因食品標識制度至關重要，轉基因食品的推廣和銷售要建立在充分的信息公開和群眾同意的基礎上。

在制度設計上，宋華琳認為應通過修訂《食品安全法》對轉基因食品的管理加以規定。可考慮利用食品安全風險評估委員會機制，對轉基因食品安全進行風險評估。一旦得出某些轉基因食品不安全的結論，國務院質量監督、工商行政管理和國家食品藥品監督管理部門應當依據各自職責立即采取相應措施，確保該轉基因食品停止生產經營，并告知消費者停止食用。衛生部應盡快制定轉基因食品安全的國家標準，填補對轉基因食品的監管“盲點”。

天津科技大學食品專家王芳則提出了更加具體的建議，“轉基因作物在推廣前應對基因來源、操作方法和應用環境進行嚴格控制。經過長時間動物實驗的嚴格檢測后方可推廣。”同時需要向公眾普及有關轉基因、轉基因作物、轉基因生物安全等方面的知識。“建議對轉基因食品貼上標簽，但用少量轉基因配料的食品、為治療病人的轉基因食品，則不需要標志轉基因身份。”