南方科技大學(xué)籌建，參照的目標(biāo)是一河之隔的香港科技大學(xué)：一所只有十幾年歷史的大學(xué)，已經(jīng)躋身于世界知名大學(xué)百強。除了充足的資金支持以外，這所學(xué)校崛起的重要原因，就是其國際化的辦學(xué)理念和先進(jìn)的管理方式。朱清時告訴記者：“南方科大的目標(biāo)定位就是要回答‘錢學(xué)森之問’——為什么我們的學(xué)校總是培養(yǎng)不出杰出人才？作為國家高等教育綜合改革的試驗校，南方科大將按照小規(guī)模、高水平的發(fā)展宗旨，通過充分借鑒世界一流大學(xué)的辦學(xué)模式，創(chuàng)新辦學(xué)體制機制，力爭在一個不長的時期內(nèi)建設(shè)成為一個高質(zhì)量的研究型大學(xué)。”

為什么我們的學(xué)校總是培養(yǎng)不出杰出人才？朱清時說：“其實大家心中都明白，中國的大學(xué)在過去幾十年當(dāng)中都辦成了一個模式，都是行政主導(dǎo)，而不是學(xué)術(shù)主導(dǎo)。所以，南方科大要做的事情就是按照《國家中長期教育改革和發(fā)展規(guī)劃綱要（２０１０—２０２０）》的要求，在教育部的指導(dǎo)下，把它建成一所純粹的回歸大學(xué)本來面目的學(xué)校，那就是要學(xué)術(shù)主導(dǎo)而不是行政主導(dǎo)，由‘教授治校’而不是行政官員治校。”一句話，南方科大將以一系列的招生改革、院系設(shè)置、教研模式，打造一個精英化的科研型大學(xué)。

主張“學(xué)術(shù)主導(dǎo)、教授治校”，南方科大的辦學(xué)理念就是“去行政化”。朱清時認(rèn)為，要保證南方科大的繼任者能夠保持創(chuàng)校之初的理念，全力創(chuàng)建世界一流大學(xué)，關(guān)鍵是要依法治校而不是依人治校，不是誰的官大誰說了算。他說，自己這三年將努力推動學(xué)校建立健全規(guī)章制度，通過學(xué)校層面制定《南方科技大學(xué)章程》，深圳市政府制定《南方科技大學(xué)管理暫行辦法》，深圳市人大制定《南方科技大學(xué)條例》等一系列措施，讓南方科大在法律框架下，依法自主辦學(xué)。