對于61位院士上書要求加快轉基因水稻產業化事件，崔永元提到，轉基因不應由農業部一家說了算。針對被“挺轉”人士質疑為“外行”，崔永元認為，轉基因技術涉及方方面面，每個人都有發言權，他去日本時就看到日本政府公開表示轉基因農作物被承認前需要聽取各位國民的意見，鼓勵民眾參與投票。“每個人的投票可能出于他的習慣、認知、甚至宗教信仰，不一定有科學道理，但是這種尊重國民情感的做法非常觸動人。”崔永元說。
此前崔永元在微博上向農業部發問：“中國的主糧水稻和小麥開始轉基因商業化種植了嗎？批準了嗎？偷偷種的有多少農業部知情嗎？管嗎？”但至今未收到官方的任何回復，他認為這不應該。
崔永元認為，正因為不誠信導致的信任危機，要傳播轉基因就需付出更多成本，應當俯下身來向民眾一點一點講清楚轉基因問題，而不是站著說老百姓都是傻子。
崔永元表示，轉基因作為一個技術是中性的，作為一個先進技術一定要加大力度研究，“一天都不要停”。但轉基因作物商業化種植一定要謹慎，尤其是轉基因主糧產業化一定要慎之又慎。他希望做生物技術的科學家當少安毋躁，“雖然你們懂得轉基因，但并不懂得社會的全部，這個世界除了自然科學還有人文科學。”
據《京華時報》
轉基因鑒別：網傳方法不靠譜
網上流傳一份轉基因食品名單，包括“圣女果、大個兒彩椒、小南瓜、小黃瓜”。中國農科院生物所研究員王志興對于這些說法進行了一一回應，王志興說，小番茄也叫圣女果，是自古就有的番茄品種。個頭小是天生的基因差異，不是轉基因的結果。小南瓜和小黃瓜也不是轉基因食品，僅僅是未充分成熟的南瓜和黃瓜。網傳：轉基因大豆不會發芽
回應：不管是轉基因大豆還是非轉基因大豆，如果收獲后儲存不善，或儲存時間過長，使大豆種子喪失了活力，就不會發芽。完整有活力的種子，無論是否轉基因，遇到合適的溫度和濕度都會發芽。網傳：轉基因土豆削皮不變黑
回應：土豆削皮后變黑是由于多酚氧化酶和酚類物質在遇到氧氣后，發生氧化作用形成的。變黑的程度和速度與品種、多酚氧化酶含量、儲存條件及儲存時間有關。新鮮收獲的土豆一般不易變黑，經過長時間的低溫儲存后較容易變黑。目前全球尚無通過轉基因技術降低多酚氧化酶的土豆品種上市，我國也未批準任何轉基因土豆上市。網傳：甜玉米太甜是轉基因
回應：甜玉米是由于基因突變后，玉米籽粒中的蔗糖轉化成淀粉的過程受阻，導致蔗糖含量提高所致。甜度高的玉米是育種家為了滿足市場需求人工選育的結果。
迄今尚無轉基因甜玉米上市，市場上的甜玉米，包括糯玉米、紫色玉米等都是常規選育的結果，并非轉基因品種。據《新快報》
轉基因謠言：幾個反復炒作的問題
1、塞拉利尼事件
2012年，法國科學家塞拉利尼在國際毒理學雜志上發表文章，報告了利用小鼠進行了轉基因玉米兩年期的慢性毒理實驗，實驗得出長期食用轉Bt基因玉米引起實驗鼠普遍患癌的結論。該文章隨即引發了學術界的關注，歐盟相關食品安全部門組織專家對該實驗進行科學評估，然而評估結論認為塞拉利尼的實驗設計與實施缺乏重大缺陷。法國、德國、意大利等六個歐盟成員國的食品安全監管機構都得出了否定塞拉利尼實驗結果的結論。
